Erstmals urkundlich erwähnt wurde Papendorf im Jahr 1547, als Jacob von Zitzewitz hier eine Schäferei anlegen ließ. Der Name leitet sich vermutlich von „Pape“ (Pastor/Priester) ab, da die nächstgelegene Kirche in Lassan stand. Im Lauf der Jahrhunderte entwickelte sich Papendorf zu einem Gutsdorf mit Herrenhaus und mehreren Landarbeiterkaten. Bedeutende Besitzerfamilien waren unter anderem die von Krassow (ab 1669), von Buggenhagen (nach 1784) sowie die Barone von Le Fort und deren Erben (1833–1945). Seit dem Jahr 1897 war das Dorf an die Anklam-Lassaner Kleinbahn angeschlossen, bis deren Gleise 1945 demontiert wurden.

Heute ist Papendorf vor allem für seinen Duft- und Tastgarten bekannt: Am Rand eines großen Solls gelegen, präsentieren sich in diesem einzigartigen botanischen Garten von Mai bis Oktober zahlreiche heimische Kräuter und Pflanzen. Ein Barfußpfad lädt zum Erfühlen verschiedener Bodenstrukturen ein, und im Café-Terrassenbereich werden Kaffeespezialitäten und Tees aus eigenem Anbau angeboten. Dieses Projekt hat sich zu einem wichtigen Anziehungspunkt für sanften Tourismus im Lassaner Winkel entwickelt.